我试了下，用定时器的pwm功能主频1M不到，整个波形已经不太能看了，上升沿和下降沿都是对数函数形状。。。（因为频率高上升时间和下降时间。。已经占比过大了，我调整IO口输出速度为高也没啥用。。。）

首先你要确保你的测量设备（示波器）有足够带宽与采用频率，
根据规格书上面描述上升和下降沿都能控制在10ns以内，

如果达不到你可以排查一下引脚电容是否过大。

1MHz不算什么， 把IO配置为最高速就可以了

如同楼上所说，这是个硬件问题和测量问题。 注意线路和示波器的能力。
平时测量SPI的速度都超过1MHZ很多的。