比如FATFS，　最新的版本已经是0.13 而且还打了两次补丁了。，但是CubeMx 使用的还是0.12C。 每次手动更新后， 重新生成代码又会被覆盖， 好麻烦。

升级的几个版本都尝试看看

我上次是这样做，先在mx里查询更新，使你的mx知道新包的版本，但不通过mx下载。然后自己去官网下更新包，将更新包解压进你的目录中即可。
至于覆盖，我认为是你的mx将旧包当做默认包。查询更新试一下。

不要频繁更新CUBE，这个版本好用的情况下，使用一段时间，还有有几次发现更新后的版本不稳定，好后悔。