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那很可能是你覆盖了原来的程序，重新烧录一个闪灯的程序进去就行了。
楼主，请详细说一下具体的开发板型号，CN4的插头定义。如果只是接到正常的IO口应该没有问题。要根据实际情况分析，是JLINK坏了，还是电路板损坏了。
[md]NUCLEO-F302R8,一开始CN4的错误接法为1-VDD,2-SWDIO,3-SWCLK,4-SWO,5-NRST,6-GND
实际的顺序1-VDD,2-SWCLK,3-GND,4-SWDIO,5-NRST,6-SWO，麻烦求解
从图上看LD2和JLINK没有太多关系。可能是程序被擦除导致。建议楼主先重新烧写程序再进行测试。如果是程序能够正常烧写，但是LD2不能闪烁，先确定程序是否正常运行。