STM32H725VGH3芯片内部时钟通过tim3采集频率，在不同的压强下，会与正确的频率相差几十到200hz左右，同时输出的频率非常的不稳定，会有几赫兹到几百赫兹的波动，而通过机器采集到的频率是很稳定的，只有个位数的波动，这是什么原因，通过滤波会导致响应时间慢，同时变化压强会导致频率的误差越来越大。

楼主测试的是哪个频率，用哪个时钟作为定时器的时钟呢？

最好具体一点，这样小伙伴们才好帮助分析。

楼主说的压强是什么意思？大气压么？

另外测试时注意，采样的时钟尽量高才测得准。否则有一些波动很正常。
频率计通常测试一段时间内的平均值，这样更稳定一些。