引脚太少了，另一个可以复用为FDCAN的引脚想要分配给USB，不知道会不会有影响，上电时能不能

这里没有关系的，这个脚可以用来作为GPIO或其它外设复用脚，将BOOT0脚释放出来，这时在选项字节里稍微配置下,nSWBOOT0不要勾选。