上图是硬件提供的引脚配置图，需要软件控制八个通道以PWM输出的方式控制泵的开关，除了MT4我都成功配置PWM输出。MT4在上图显示用TIM1CH3N输出，但是我配置后发现修改TIM1->CCR3的值TIM1CH3和TIM1CH3N也就是MT4和MT5通道会同时输出。我想请问MT4和MT5怎么配置才能各自独立输出呢，芯片用的是STM32F103R8T6.

Timer3_ch1 和 Timer3_ch1N 是一对硬件互补输出通道。 一旦全部使能了，硬件是对应互补输出的组合体，并非每一个通道独立控制的。

下面是个示意图，只不过加了死区控制。

估计你也发现了，对于CHX和CHXn这类成对通道，他们共用同一个CCRx寄存器，自然没办法在二者同时使用的情况下进行 独立 控制。
此时你可以考虑再找个通道来帮忙，不排除还要引入其它定时器。必要时还得考虑定时器间的同步问题。