烧录方式是，单板用串口线烧录bootloader和应用程序，板装到机器上后，更新应用程序，用机器外部的烧录口更新，bootloader是只需要烧录一次，在机器外部的烧录口不能烧录bootloader但是单板烧录时，bootloader和应用程序都可以烧录，能运行，但不能更新应用程序.不良的板，在更新到一半的时候就出错，显示时间超时，有遇到这种情况的？

不良的板，在更新到一半的时候就出错，显示时间超时

没太看懂你描述的逻辑。 这个PC软件是与你自己写的boot loader通信的化，建议对比测试一下或者分段烧录看看，另外看看波特率是否正常。 如果是与芯片自带的boot loader烧录，应该可以整片擦除烧录，还可以用官方的STM32BCUBEPROGRAMMER 去验证一下。